1、管理部门不同。
公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门。
2、用途范围及效力不同。
公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。公章则具有代表公司的功能，其效力除了合同的签订以外，还可涉及及于公司一切事务，如文件、通知及证明等，具有行政管理作用。
公章一般是单位处理内外部事务的印鉴，公司对外的正式信函、文件、报告使用公章，盖了公章的文件具有法律效力。
合同章是专门用于合同签订的印鉴，在签订合同方面两者效力一样，只要是真实的。
扩展资料
关于合同专用章和公章的效力高下，实际上在使用过程中和司法实践中是一样的，对合同和协议而言具有同等法律效力。《合同法》第三十二条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。
扩展资料：
公司之所以在公章之外，还另行刻制合同专用章，主要原因如下：
1、因为公司公章与公司合同专用章在使用与管理上存在区别。
第一、二者的管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门。
第二、用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。公章则具有代表公司的功能，其效力除了合同的签订以外，还可涉及及于公司一切事务，如文件、通知及证明等，具有行政管理作用。
2、因为公司的合同工作具有常规性、专业性、使用合同专用章可以实现合同的专项管理，更好地控制合同风险。
因此公司在签订合同时加盖合同专用章，可以使得合同生效经过法律部门人员的审查把关，能够有效防止合同不经法律审查就直接对外签订生效问题的出现，能够更好的建立和完善合同避险制度，严格把控合同签订时的法律风险。
